Gizakiak sortutako eta, batez ere, industria-jardueraren ondorioz sortzen diren ingurumen-hondakinek arrain-espezie eta ekoizpen-mota guztiei eragin diezaiekete. Arrisku handieneko eremuak estuarioak eta kostaldetik gertu dauden eremuak dira. Akuikulturaren sektorean, beharrezkoa da erabilitako pentsuetan egon daitezkeen kutsatzaileak kontuan hartzea (albaitaritzako sendagaiak: antibiotikoak, hormonak, etab. ).

Nolabaiteko potentzial toxikoa izan dezaketen poluitzaile kimikoak hauek dira: konposatu kimiko ez-organikoak (merkurioa, beruna, kadmioa...), normalean jatorri industrialeko konposatu organikoak (bifenilo polikloratuak edo PCBak, dioxinak...) eta arraina prozesatzetik eratorritako konposatuak (nitrosaminak).

Oro har, kimikoki oso egonkorrak diren produktuak dira, eta uretako organismoetan metatzeko joera dute, batez ere moluskuetan eta hainbat arrain koipetsutan.

Merkurio

Merkurioa naturan dagoen elementu bat da, eta arrazoi naturalen nahiz industria-poluzioaren ondorioz ager daiteke ingurumenean. Uretan, merkurio ez-organikoa, mikrobioen ekintzaren bidez, forma organiko toxikoago bihurtzen da, metilmerkurioa, ehunetan metatzen dena. Uretako organismoek metilmerkurioa xurgatzen dute uraren eta elikagaien bidez, eta ia arrain guztiek dituzte hondakinak barruan. Hala ere, elikatze-katearen amaieran dauden espezieak (adibidez, marrazoa, ezpata-arraina, atun handien espezie batzuk, etab.) kopuru handiagoak meta ditzakete beste arrain batzuk jatean. Normalean, arraina zenbat eta zaharragoa eta handiagoa izan, orduan eta metil merkurio gehiago izaten du.

Normalean kontsumitzen ditugun espezie gehienetan, haien merkurio-mailak ez dira arriskutsuak giza osasunerako; hala ere, espezie harrapari handiak maiz kontsumitzen badira, kopuru segurua gainditzera irits daiteke.

Haur eta emakume haurdunei, bularra ematen ari direnei edo urtebeteko epean haurdun geratzeko asmoa dutenei, marrazoa, orratz-arraina, ezpata-arraina eta antzeko espezieak ez kontsumitzea gomendatzen zaie.

Antibiotikoak erabiltzea

Animalia-ekoizpeneko beste sektore batzuetan bezala, akuikulturan antibiotikoak erabiltzen dira ekoizpenean eta elaborazioan, batez ere bakterio-gaixotasunak saihesteko (erabilera profilaktikoa) eta tratatzeko (erabilera terapeutikoa). Arrain-hazkuntzan antibiotikoak ematen zaizkie pentsuei, bai haiek fabrikatzean gehitzen direlako, bai fabrikatzaileak edo arrain-hazleak pentsu-pilulak haiekin batera biratzen dituztelako. Gaixotasunen agerraldietan, arrain-biltzaileek antibiotikoak eman ditzakete beste bide batzuetatik. Hori dela eta, jarraibide argiak behar dira pentsu-fabrikatzaileentzat, antibiotiko-saltzaileentzat, albaitaritza-agintarientzat eta antibiotikoak erabiltzeaz arduratzen diren arrain-saltzaileentzat.

FAOk, Osasunaren Mundu Erakundeak (OME), Epizootien Nazioarteko Bulegoak (OIE) eta hainbat naziotako gobernuek antibiotikoen erabilera arduragabearen gaia planteatu dute produkzioaren sektore guztietan, osasun publikorako izan daitezkeen arriskuei aipamen berezia eginez. Mundu osoko gobernu askok sartu, aldatu edo sendotu egin dituzte antibiotikoen erabilerari buruzko araudi nazionalak, akuikultura-sektorean barne.